A jávai előember, a Homo erectus megkövesedett maradványai mutatják, hogy az indonéz szigetvilág már sok százezer éve lakott volt. A mai lakosság alapját adó ausztronéz népek Délkelet-Ázsiába Tajvan felől vándoroltak be. Ők i.e. 2000 körül érkeztek, és a melanéz népességet keletre szorították. Ez a táj ideális öntözéses rizstermelésre. A rizs termelése az i.e. 8. században kezdődött, az i.sz. I. évszázadra falvak, kisvárosok, parányi királyságok virágoztak. Indoznézia fekvése a tengeri utak mentén stratégiai jelentőségű, ez elősegítette a szigetek közti és a távolsági kereskedelmet. Évszázadokkal időszámításunk kezdete előtt már kereskedelmi utak vezettek Indiába és Kínába. A kereskedelemnek alapvető szerepe volt az indonéz történelem minden korszakában.

A kereskedelem miatt virágzott fel a 7. században a hatalmas Srivijaya tengeri királyság is. Életében fontos szerepet játszott a hinduizmus és a buddhizmus. A 8. és a 10. század között a földművelésből élő buddhista Sailendra és hindu Mataram dinasztiák vetélkedtek Jáva belsejének birtokáért. A vallási építészet nagyszabású emlékeit hagyták maguk után, ilyen a Sailendra államban Borobudur és Mataram államban Prambanan. Kelet-Jáván a 13. század vége felé alapították meg a hindu Majapahit királyságot. Ennek befolyása csaknem az egész mai Indonéziára kiterjedt Gajah Mada uralkodása alatt. Ezt az időszakot szokás az indonéz történelem aranykorának tekinteni.

Bár muszlim kereskedők Délkelet Ázsiában már Mohamed fellépését közvetlenül követően is jártak, az első bizonyítékok helybeli muszlim lakosságra a 13. századból, Észak-Szumátráról erednek. Más vidékeken fokozatosan terjedt el az iszlám, Jáván és Szumátrán a 16. század végére lett domináns. A legtöbb vidéken az iszlám keveredett korábbi kulturális és vallási képzetekkel, amely sajátos színezetet ad Indonézia, de különösen Jáva muszlim vallásgyakorlatának.

Amikor a portugálok a 16. század elején ideérkeztek, számtalan szétszórt pici államot találtak. Ezek az államok majdnem védtelenek voltak a portugálokkal szemben és később más európaiakkal szemben is, akik a fűszer-kereskedelemre kívánták rátenni a kezüket.

A 17. században a hollandok váltak a legerősebb európai hajós nemzetté, az indonéz szigetvilágból kiszorították a spanyolokat és a portugálokat (kivéve a Timor szigetén elhelyezkedő Portugál Timor gyarmatukat, ma Kelet-Timor. A Holland Kelet-indiai Társaság kereskedelmi tevékenységének beindulásával megalapozódott Hollandia befolyása Indonéziában. A britekhez hasonlóan a hollandok is helyi vazallusok segítségével közvetett módon gyakorolták a hatalmat. A napóleoni háborúkat követően Kelet-India 1815-ben a Hollandiai Egyesült Királyság gyarmata lett. A holland korona legfontosabb gyarmata volt.

A 19. században bevezetett agrártermelési rendszer bevezetésével Jáván hatalmas ültetvények művelésére kényszerítették a helyi parasztokat, ami végre meghozta Hollandia számára azt az extra profitot, amit Holland Kelet-indiai Társaság nem volt képes biztosítani. Az 1870 után következő liberálisabb gyarmati uralkodás során ezt a termelési rendszert eltörölték, majd 1901-ben a hollandok bevezették az ún. Etikus Politikát, amely korlátozott politikai reformokat tartalmazott. Jelentősen megnőttek gyarmati befektetések.

A második világháborúban, miközben Hollandia német katonai megszállás alatt állt, 1941 decemberében Japán öt oldalról támadást indított Jáva szigete és Holland Kelet-India létfontosságú ellátási vonalai ellen. Bár Japán 1942 márciusában elfoglalta Jávát, képtelen volt olyan hazai vezetőt találni, aki kész lett volna együttműködni velük a hollandok ellen. A japán megszálló parancsnok végül elrendelte Sukarno szabadon bocsátását, és Sukarno, börtönszigetét elhagyva, 1942 júliusában Jakartába érkezett. Sukarno és társai együttműködtek a japán megszállókkal. 1945-ben, a háború vége felé, Sukarno felismerte, hogy kiváló lehetősége nyílt az ország függetlenségének kikiáltására. Japán egyetértésével megalakította a függetlenséget előkészítő bizottságot, majd 1945. augusztus 17-én, Mohammad Hatta társaságában kikiáltotta Indonézia függetlenségét.

A szövetségesek természetesen megpróbálták visszaállítani hatalmukat elvesztett területeik fölött, így a Holland Királyi Hadsereggel együtt csapatokat küldtek az ország elfoglalására. Indonézia függetlenségi háborúja 1945-től egészen 1949. december 27-éig tartott, amikor engedve a nemzetközi nyomásnak, Hollandia elismerte Indonézia függetlenségét. Sukarno lett az ország első elnöke, Mohammad Hatta az első alelnök.